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この記事は Kyoto University Advent Calendar 2020 - AdventarCAMPHOR- Advent Calendar の16日目の記事です。

こんにちは、ほないです。今年も残り半月、アドベントカレンダーも後半に入っていますね。 CAMPHOR-のアドベントカレンダーは6日目の Comet.ml で機械学習のログをクラウドに保存する に続き2回目です。 CAMPHOR-のアドベントカレンダーが意外と埋まらなかったので、#KUAC2020 と兼ねさせていただきます 🙇

今回はMakeコマンドを(機械学習などの)Pythonのタスクランナーとして使うと便利という内容です。

機械学習のコードあるある

1. 中間ファイルといくつものパラメータ

python preprocess.py --length 128 --hoge fuga
// これで1つめの中間ファイル data.tsvができる
python pick_data.py --flag1 value1 --flag2 value2
// これで2つめの中間ファイル picked_data.tsv ができる
python create_dataset.py --size 10000
// これで train.tsv, dev.tsv, test.tsv ができる

生成した中間ファイルがどんなパラメータで生成されたものなのかも分からなくなりがちです。

2. フラグが多すぎるスクリプト

export TASK_NAME=hogetask
python run.py \
--model_name_or_path bert-base-cased \
--task_name $TASK_NAME \
--do_train \
--do_eval \
--max_seq_length 128 \
--per_device_train_batch_size 32 \
--learning_rate 2e-5 \
--num_train_epochs 3.0 \
--output_dir /tmp/$TASK_NAME/

ありますよね。

3. 1と2なコードで、さらにいろんなパラメータで実験したいとき

コマンドコピペでもかなりしんどくなりますよね。

Make

GNU Make is a tool which controls the generation of executables and other non-source files of a program from the program's source files.

GNU Makeのサイト

Makeは本来はソースコードから実行可能なバイナリやオブジェクトファイルなどを生成するためのツールで、C言語やC++のビルドなどによく使われます。 今回はCをビルドするためではなく、機械学習などでありがちなPythonの複雑なCLIコマンドを賢く実行してくれるタスクランナーとして活用します。

なぜタスクランナーとして使えるかというと、Makeには

  • ターゲット(作りたいファイル)を生成するシェルコマンドと、ターゲットを生成するのに必要な依存ファイルを定義し、 make XXXX という短いコマンドでそれらを実行できる
  • ファイルの更新日時に基づいて、依存関係を処理しながら、実行する必要のないシェルコマンドをスキップしてくれる

という機能があるからです(もちろんこれ以外にもたくさんの機能があります)。 つまり、入力ファイルからある出力ファイルを生成する複雑なコマンド(Pythonのコードでなくても良い)を連鎖的に使いたいとき、Makeがタスクランナーとして力を発揮するのです。

Makefileの基本的なフォーマット

Makeを使うには、作業ディレクトリに Makefile という名前のファイルを置きます。 基本的な書き方としては、次のようなブロックをいくつか書いていきます:

target: dependency1, dependency2, ...
command1
command2
...
  • target: 作りたいファイル名(複数ファイルも可能)
  • dependencyN: 依存ファイル
  • commandN: targetを生成するために実行するコマンド

このように、あるターゲットに対して、依存しているファイルと、生成するためのコマンドを定義します。

入力ファイルを引数にとり、入力ファイルに何らかの処理をして標準出力に出力する parse.py があるとします。 そして、入力ファイルの名前を in.txt 、出力結果を out.txt に書き込みたいとします。

実行前のディレクトリ構造:

.
├── Makefile
├── in.txt
└── parse.py

普通にシェルでやると:

$ python parse.py in.txt > out.txt

です。これをMakefileで定義すると

# Makefile
out.txt: in.txt
python parse.py in.txt > out.txt

Makefileがあるディレクトリで make hogehoge (hogehoge はtarget名) とコマンドを実行することで、Makeを実行できます。

make out.txt

実行後のディレクトリ構造

.
├── Makefile
├── in.txt
├── parse.py
└── out.txt  // new!

簡単ですね。

依存関係をmakeがどう処理するか

ファイルの存在と更新日時による実行のスキップ

makeでは、targetの更新日時がすべての依存ファイルの更新日時よりも新しい場合、 make hoge してもtargetを出力するためのコマンドは実行されません。前の例の場合、すでに out.txt が存在し、 in.txt の更新日時よりも新しい場合、このようなメッセージが出力されます:

$ make out.txt
make: 'out.txt' is up to date.

内容に変更があったかどうかではなく、更新日時での比較なので、 touch コマンドなどを使って、更新があった扱いにしたり内容は変えたけどMakeにはそう認識させないというようなことも簡単にできます。

複数の依存関係

次のように、 raw.txt から all.txt を生成し、さらに all.txt から filtered.txt を生成するとします。

# Makefile
filtered.txt: all.txt
python filter_data.py all.txt > filtered.txt

all.txt: raw.txt
python preprocess.py raw.txt

この場合、もし all.txt が既にあると、 preprocess.py のコマンドはスキップされます。

.
├── Makefile
├── raw.txt
├── all.txt  // 既にある
├── preprocess.py
└── filter_data.py
$ make filtered.txt
python filter_data.py all.txt > filtered.txt # preprocess.py はスキップされている

依存のないターゲット

依存ファイルのないターゲットは、そのターゲットがあればコマンドは実行されませんし、なければ実行されます。

# Makefile
fetched.txt:
python fetch_data.py > fetched.txt
.
├── Makefile
├── original.txt
└── fetch_data.py
$ make fetched.txt
make: 'fetched.txt' is up to date.

変数

Makefile内で変数を定義するには、次のような書き方をします。

max = 100

out.txt: in.txt
python run.py in.txt --max ${max} > out.txt

これは、 run.py のオプショナル引数 --max に値を設定するために使っている例です。 ${変数名} で変数を展開することができます。

コマンドライン引数でオーバーライド

この変数は、 make コマンドを実行するときのコマンドライン引数として上書きすることができます。

$ make out.txt
python run.py in.txt --max 100 > out.txt

$ make out.txt max=200
python run.py in.txt --max 200 > out.txt

targetや依存ファイルにも変数を含められる

例えば、preprocess.py というスクリプトで in.txt から out.txt を生成するとき、 --max というパラメータで出力を調整できるとしましょう。

その時、次のように書くと:

# Makefile
max = 100

out.txt: in.txt
python preprocess.py in.txt --max ${max} > out.txt

こう書いても良いですが、たとえば max が 200 で out.txt を生成しようとすると上書きされてしまいます。そこで:

max = 100

out_max_${max}.txt: in.txt
python preprocess.py in.txt --max ${max} > out_max_${max}.txt

このように記述することで、 maxの値によって動的に出力ファイル名を設定することができます。

しかし、これでは make out.txt max=200 と実行してもエラーとなります。なぜなら、 max=200 のときのターゲット名は out_max_200.txt であり、 out.txt というターゲットは存在しないからです。毎回、 make out_max_200.txt max=200 という風に入力するのは面倒ですね。

そこで、makeの 疑似ターゲット を使います。疑似ターゲットを使えば、直接はファイルを生成しないようなコマンドや依存ファイルを定義することができます。

max = 100
OUT_FILENAME = out_max_${max}.txt

.PHONY: out

# 疑似ターゲット `out` は ${OUT_FILENAME} というファイルに依存している
out: ${OUT_FILENAME}
# このブロックでは何もコマンドを実行しない(依存を定義しただけ)

${OUT_FILENAME}: in.txt
python preprocess.py in.txt --max ${max} > ${OUT_FILENAME}

この例では、 out という疑似ターゲットを定義し、 make out とすれば、(outOUT_FILENAME というターゲットに依存しているので) out_max_len_100.txt というファイルを生成するためのコマンドを実行することができるようになっています。 さらに、変数 max の値を make max=200 out と引数で設定すれば、 out_max_len_200.txt を生成してくれます。

実例

makeの機能である「依存ファイルの存在と更新日時によるコマンドのスキップ」「変数」について紹介したところで、機械学習でよくある「中間ファイル問題」と「フラグ多すぎる問題」を解決できる例を見てみましょう。

想定するPythonのプロジェクト

  • 元データファイル input.txt が最初からある
  • parse.py で元データファイルを処理し、パースされたファイル parsed.txt を生成する
    • パラメータのフラグ min, max を渡す必要がある
  • dataset.py で、パースされたファイルから train.tsv, dev.tsv, test.tsv を生成する
    • 2つめの位置引数で出力ディレクトリを指定する
  • run.py で、作ったデータセットファイルを使ってモデルを学習し評価する
    • 位置引数でデータセットがあるディレクトリを指定する
    • epochs, do_train, do_eval, do_test, lr (lr: learning rate)というフラグを渡す必要がある
    • log フラグで出力するログファイルの場所を指定

これで、パースのパラメータ minmax を変え、それぞれでモデルを学習させたいとします。 minとmaxが何なのか、後からわかるようにしたいので、 min_10_max_100 のような名前のディレクトリ内に各ファイルを出力しましょう。 ログファイルも、ハイパーパラメータを変えたときに上書きされないように、 output というディレクトリに min_10_max_100_epoch_3_lr_1e-5.log というような名前で出力しましょう。このログファイルが最終的な生成物です。

ディレクトリ構造

.
├── Makefile
├── parse.py
├── dataset.py
├── run.py
├── min_10_max_100
│   ├── dataset
│   │   ├── dev.tsv
│   │   ├── test.tsv
│   │   └── train.tsv
│   └── parsed.txt
├── output
│   └── min_10_max_100_epoch_3_lr_1e-5.log
└── input.txt

ふつうにコマンドで実行

Makeなしでコマンド実行すると

$ python parse.py input.txt --min 10 --max 100 > min_10_max_100/parsed.txt
$ python dataset.py min_10_max_100/parsed.txt min_10_max_100/dataset
$ python run.py min_10_max_100/dataset \
--epochs 3 --do_train --do_eval --do_test --lr 1e-5 \
--log output/min_10_max_100_epoch_3_lr_1e-5.log

これで min, max, epochs, lr を変えて何度か実験とかしようとするとかなり厳しいですね。

Makefileを書いてみる

Makefileは次のようになります。疑似ターゲット all で学習まで全て実行します。

min = 10
max = 100
epochs = 3
lr = 1e-5

OUT_DIR = min_${min}_max_${max}
PARSED_FILE = ${OUT_DIR}/parsed.txt
DATASET_DIR = ${OUT_DIR}/dataset
DATASET = ${DATASET_DIR}/train.tsv ${DATASET_DIR}/dev.tsv ${DATASET_DIR}/test.tsv
LOG_FILE = output/min_${min}_max_${max}.log

.PHONY: all

all: ${LOG_FILE}
cat ${LOG_FILE}

${PARSED_FILE}: input.txt
python parse.py input.txt --min ${min} --max ${max} > ${PARSED_FILE}

${DATASET}: ${PARSED_FILE}
python dataset.py ${PARSED_FILE} ${DATASET_DIR}

${LOG_FILE}: ${DATASET}
python run.py ${DATASET_DIR} \
--epochs ${epochs} --lr ${lr} \
--do_train --do_eval --do_test \

これで make all lr=1e-3 とか make all max=50 のようにデフォルトから変える部分だけを入力すれば、ディレクトリをいい感じに掘りながら最後まで実行してくれるようになります。 さらに、例えば make all が終了した後に make epochs=10 all を実行すると、データセットを作るところまでは共通なのでスキップして、 run.py の部分だけを実行してくれます。 個人的にはこの自動スキップがとてもありがたいです。

おわりに

今日は小ネタとして、「中間ファイルやフラグが多く管理が大変なPythonのプロジェクトをmakeで簡単に扱えるようにする」ということをやってみました。 難解になりがちなMakefileもきちんと変数名を付けながら書けば読みやすくできると思います。 機械学習をするみなさんは、大量のファイルとコマンドに頭がパンクする前に、Makefileを書いて頭とディレクトリ構造を整理しましょう!

明日の Kyoto University Advent Calendar 2020 - Adventar の担当は、 電タク さんです。

明日の CAMPHOR- Advent Calendar の担当は、 sanpo_shiho くんです。